沖擊殺菌處理方式是在有限的時(shí)間段內(nèi)以及反滲透膜水處理系統(tǒng)正常操作期間，向反滲透膜的進(jìn)水中加入殺菌劑，亞硫酸氫鈉常常被用于這種處理目的，有一般情況下，500~1,000ppm的NaHSO3加入30分鐘左右即可。
沖擊處理可以按固定的時(shí)間間隔周期性地進(jìn)行，例如每隔24小時(shí)一次，或懷疑反滲透膜系統(tǒng)出現(xiàn)生物滋生時(shí)處理一次。但是這種處理方法的有效性有待印證。在這種沖擊處理期間反滲透膜所產(chǎn)的產(chǎn)水會(huì)含有所加入的亞硫酸氫鈉濃度的1~4%。根據(jù)產(chǎn)水的用途，可以決定是否應(yīng)將沖擊殺菌期間的產(chǎn)水回收還是排放掉，亞硫酸氫鈉對(duì)需氧的細(xì)菌比對(duì)厭氧的微生物更有效。因此，反滲透膜系統(tǒng)采用沖擊殺菌處理應(yīng)事先經(jīng)過仔細(xì)評(píng)估。
除了連續(xù)地向反滲透膜原水加入殺菌劑外，也可以定期對(duì)系統(tǒng)消毒以控制生物污染。這種處理方法用于存在中等生物污染危害的反滲透膜系統(tǒng)上，但在有高度生物污染危害的系統(tǒng)，消毒僅是進(jìn)行連續(xù)殺菌劑處理的輔助方法。
進(jìn)行反滲透膜的預(yù)防性消毒比進(jìn)行糾正性殺菌更為有效，因?yàn)楣铝⒏街募?xì)菌比厚實(shí)、老化的生物膜要容易被殺死和清除掉。
一般的消毒間隔是每月一次，但有嚴(yán)格衛(wèi)生要求的反滲透膜水處理系統(tǒng)（如制藥工藝用水）和高污染原水（例如廢水）也許會(huì)每天一次，當(dāng)然反滲透膜的壽命受到所用化學(xué)品種類、濃度的影響，經(jīng)過強(qiáng)烈的消毒，可能會(huì)縮短膜壽命。
