清洗單段反滲透膜系統的步驟如下：
1、配制清洗液。
2、低流量輸入清洗液。
首先用清洗水泵混合一遍清洗液，預熱清洗液時應以低流量（表1所列值的一半）。然后以盡可能低的清洗液壓力置換反滲透膜元件內的原水，其壓力僅需達到足以補充進水至濃水的壓力損失即可，即壓力必須低到不會產生明顯的滲透產水。低壓置換操作能夠盡量減低污垢再次沉淀到反滲透膜表面，視情況而定，排放部分濃水以防止清洗液的稀釋。
表1高流量循環期間每支壓力容器建議流量和壓力
i取決于壓力容器內元件數量；
ii 4英寸full-fit元件清洗流量為12~14gpm（2.7～3.2 m3/h）；
iii適用于full-fit和440平方英尺膜面積元件。
表2清洗pH值和溫度極限
3、循環。
當原水被置換掉后，濃水管路中就應該出現清洗液，讓清洗液循環回清洗水箱并保證清洗液溫度恒定。
4、浸泡。
停止清洗泵的運行，讓反滲透膜元件完全浸泡在清洗液中。有時元件浸泡大約1小時就足夠了，但對于頑固的污染物，需要延長浸泡時間，如浸泡10~15小時或浸泡過夜。為了維持浸泡過程的溫度，可采用很低的循環流量（約為表1所示流量的10%）。
5、高流量水泵循環。
按表1所列的流量循環30~60分鐘。高流量能沖洗掉被清洗液清洗下來的污染物。如果污染嚴重，請采用高于表1所規定的50%的流量將有助于清洗，在高流量條件下，將會出現過高壓降的問題，單元件最大允許的壓降為1bar（15psi），對多元件壓力容器最大允許壓降為3.5bar（50psi），以先超出為限。
6、沖洗。
預處理的合格產水可以用于沖洗陶氏RO膜系統內的清洗液，除非存在腐蝕問題（例如，靜止的海水將腐蝕不銹鋼管道）。為了防止沉淀，最低沖洗溫度為20℃。
附注：
1)在酸洗過程中，應隨時檢查清洗液pH值變化，當在溶解無機鹽類沉淀消耗掉酸時，如果pH的增加超過0.5個pH值單位，就應該向清洗箱內補充酸，酸性清洗液的總循環時間不應超過20分鐘，超過這一時間后，清洗液可能會被清洗下來的無機鹽所飽和，而污染物就會再次沉積在反滲透膜表面，此時應用合格預處理產水將反滲透膜系統及清洗系統內的第一遍清洗液排放掉，重新配置清洗液進行第二遍酸性清洗操作。
2)如果系統必須停機24小時以上，則應將反滲透膜元件保存在1%（重量比）的亞硫酸氫鈉水溶液中。
3)在對大型反滲透膜系統清洗之前，建議從待清洗的系統內取出一支膜元件，進行單元件清洗效果試驗評估。
